线粒体是进行有氧呼吸的主要场所。有氧呼吸是指细胞或微生物在氧的参与下，通过多种酶的催化作用，把有机物彻底氧化分解（通常以分解葡萄糖为主），产生二氧化碳和水，释放能量，合成大量ATP的过程。
有氧呼吸
生物化学将有氧呼吸主要分为两个阶段。第一阶段，是在细胞质里进行的糖酵解：即在无氧条件下把葡萄糖转化为丙酮酸，并产生少量ATP和NADH。
第二阶段，是在线粒体进行的柠檬酸循环：即在有氧条件下把丙酮酸转化为二氧化碳和水，并产生少量的GTP和大量的NADH与FADH2。
最终，糖酵解和柠檬酸循环所产生的NADH和FADH2进入氧化磷酸化过程，代谢产生大量ATP。至此完成有氧呼吸的全过程。
线粒体线粒体拥有自身的遗传物质和遗传体系，但其基因组大小有限，是一种半自主细胞器。除了为细胞供能外，线粒体还参与诸如细胞分化、细胞信息传递和细胞凋亡等过程，并拥有调控细胞生长和细胞周期的能力。
有氧呼吸指细胞消耗氧气的情况下，将有机物彻底分解的过程。因此必须强调，有氧呼吸发生在细胞内。研究发现，有氧呼吸可分为三个阶段，第一阶段发生在细胞质基质中，后两个阶段发生在线粒体中。综上，你所提问题的答案是：线粒体主要场所是线粒体。有氧呼吸是指细胞在氧的参与下，通过多种酶的催化作用，把葡萄糖等有机物彻底氧化分解，产生二氧化碳和水，释放能量，生成许多ATP的过程。
有氧呼吸三阶段
第一阶段：
在细胞质的基质中，一个分子的葡萄糖分解成两个分子的丙酮酸，同时脱下4个[H](活化氢)；在葡萄糖分解的过程中释放出少量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，产生少量的ATP。这一阶段不需要氧的参与，是在细胞质基质中进行的。
第二阶段：
丙酮酸进入线粒体的基质中，两分子丙酮酸和6个水分子中的氢全部脱下，共脱下20个[H]，丙酮被氧化分解成二氧化碳；在此过程释放少量的能量，其中一部分用于合成ATP，产生少量的能量。这一阶段也不需要氧的参与，是在线粒体基质中进行的。
第三阶段：
在线粒体的内膜上，前两阶段脱下的共24个[H]与从外界吸收或叶绿体光合作用产生的6个氧气结合成水；在此过程中释放大量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，产生大量的能量。这一阶段需要氧的参与，是在线粒体内膜上进行的。
有氧呼吸与无氧呼吸异同相同点：
都需要酶的催化，反应场所都有细胞质基质，都能产生ATP，都经过生成丙酮酸的反应，反应过程中都能产生[H]。
不同点：
1.场所不同，有氧呼吸主要在线粒体中，无氧呼吸主要在细胞质基质中。
2.有氧呼吸要氧气，无氧呼吸不要。
3.产物不同，有氧呼吸产物：CO2+H2O+ATP；无氧呼吸产物：CO2+H2O+酒精或CO2+乳酸。
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