主要区别是，性质不同、艺术特征不同、作画方式不同，具体如下：
一、性质不同
1、水墨画
水墨画是由水和墨调配成不同深浅的墨色所画出的画，是绘画的一种形式，更多时候，水墨画被视为中国传统绘画，也就是国画的代表。
2、工笔画
工笔画，亦称“细笔画”，属于工整细致一类画法。
二、艺术特征不同
1、水墨画
其特征主要有两个方面，一是从工具材料上来说，水墨画具有水乳交融，酣畅淋漓的艺术效果。具体地说就是将水、墨和宣纸的属性特征很好地体现出来，如水墨相调，出现干湿浓淡的层次，再有水墨和宣纸相融，产生溵湿渗透的特殊效果。二是水墨画表现特征，由于水墨和宣纸的交融渗透，善于表现似像非像的物象特征，即意象。
2、工笔画
以线造型是中国画技法的特点，也是工笔画的基础和骨干。工笔画对线的要求是工整、细腻、严谨，一般用中锋笔较多。以固有色为主，一般设色艳丽、沉着、明快、高雅，有统一的色调，具有浓郁的中国民族色彩审美意趣。
三、作画方式不同
1、水墨画
水墨画有多种绘画方法，最常见的是用画笔作画。后期出现用口咬笔，脚趾握笔，双脚夹笔，腋夹笔，身体着墨(包括手指、脚趾、头发、手肘等部位)，材料运用广泛，在宣纸上，在衣服上，在人的身体上等。题材上更是多样化，不仅限于山水花鸟，除抽象水墨外更扩展到行为艺术范畴。
2、工笔画
工笔画一般先要画好稿本，一幅完整的稿本需要反复地修改才能定稿，然后复上有胶矾的宣纸或绢，先用狼毫小笔勾勒，然后随类敷色，层层渲染，从而取得形神兼备的艺术效果。
参考资料来源：百度百科-水墨画
参考资料来源：百度百科-工笔画
国画中的工笔画法有描、分、染、罩等，传统工笔画法颜色应该薄一点，但是要表现出厚重的感觉，往往一遍遍用薄色反复上色，最终形成一种多层叠加的厚重效果。薄上色法最好用在绢画上，手放于绢面之上抚摸画面，不觉有粗糙感，而且还能清晰感觉到绢丝的经纬。
一般工笔画需要几个步骤来完成：第一步是草稿，也就是使用笔打草稿，一般在纸张上不作要求。第二步是过稿，就是将草稿放置在台上，上面覆一层熟宣，使用
勾线笔将画稿勾在宣纸上。
第三步是渲，这就是在画好的草稿上用墨来表现画面明暗，方法是使用两支较大的笔，一支蘸墨，一支蘸水，先点墨，在墨没干之前用水渲开，造成一个自然过渡。
第四步和渲的步骤差不多，不过使用的是国画颜料，为了让色彩更加均匀厚实，一般要进行多次，有“三矾九染”之说。最后一步是勾线，是在渲和染的过程中可能会造成原来线条被色彩覆盖，要重新勾一次线。
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