生态上密切相关的物种的相互关联地进化叫做协进化或协同进化。协同进化的结果是相互适应。物种之间形成非常复杂的相互作用、相互依存的关系。这种关系是除了物理的环境条件之外的另一种重要的外环境。在物理环境条件相对稳定的情况下，物种之间的关系构成驱动进化的选择压。一个物种的任何进化改进可能构成对其他相关物种的竞争压力，所以，即使物理环境不变，种间关系也可能推动进化。
在通常的环境下，物种之间保持着一种动态的平衡。物种间的生态关系的牵制作用使得物种在其生存期间绝灭的风险相对恒定：后代与祖先，新物种与老物种绝灭的机会几乎是相同的。这就是红皇后假说所要解释的现象。一个分类群的对数形式的生存曲线是线性的，绝灭概率是相对恒定的。
种间关系的牵制作用使得物种要获得显著的进化改变相当困难，这是因为在生态系统中物种的进化是相互制约的，物种都在进化。从短期来看，只要跟得上就能生存下去。但从长远看，一个物种要在生态系统中获得有利地位就要比别的物种跑得更快。一个物种若具有较大的进化潜力，就等于在进化赛跑中有超常的速度。长远来看，竞争的胜利者不是看当前的适应，而是看能否获得超出其他物种的进化能力。竞争的胜利者是那些获得超出其他物种的进化能力的。当前的适应并不能保证未来的成功，具有大的进化潜力的物种才能获得长远的成功。红皇后假说与物种选择说结合起来，可以解释具有进化功能的遗传结构起源。这个假说强调了物种生存环境中的生物学因素，但忽略了物理环境因素。尚需进一步验证。
在这个国度里，你只有不停地奔跑，才能停留在原地。这是《爱丽丝梦游仙境》里，红皇后对爱丽斯说的话。
进化生物学家范瓦伦在1973年的一天，一边喝着Blood Mary（一种鸡尾酒，名称来源于16世纪心狠手辣的英国女王玛丽一世），一边思考着物种进化的问题。
正巧，Blood Mary让他想起了《爱丽丝梦游仙境》里的这句经典台词，一瞬间灵光一闪——这不就是自然界的生存法则，物种进化的真理吗？
于是，“红皇后假说”就这样诞生了。
简单来说，红皇后假说的含义就是，逆水行舟，不进则退。
在自然界中，要是一个物种不致力于不断进化以适应环境变化和其他各种情况，那么它就会被其他持续进化的物种所淘汰；而其进一步的含义则可以理解为，相互之间关系密切的物种（捕食、竞争、 寄生、互利共生），为了适应对方的进化而进化，并且由此形成了物种之间的协同进化。
在这里举个简单的例子。很久很久以前，豹子和羚羊跑的都没有现在这么快。跑的快的豹子能抓到羚羊吃，而跑的慢的豹子被饿死了。随着时间流逝，跑的慢的豹子逐渐灭绝，剩下的只有跑的快的豹子，并且跑的快的豹子的后代相对的也会跑的快。
羚羊同理，跑的慢的都被豹子吃了，跑的快的活了下来。随着时间流逝，跑的慢的羚羊灭绝了，只剩下跑的快的羚羊，而羚羊的后代也会相对的跑的快。
因此豹子达到了现在的奔跑速度。
这可以理解为自然选择，也可以理解为红皇后假说，这两者的区别在于，自然选择是物种被动的，而在红皇后假说中，物种自身有着进化的潜力。
过度繁殖、生存斗争、遗传和变异、适者生存这四个过程构成了自然选择，是“自然”，“选择”了跑的快的豹子和羚羊使其存活下来（通过生存斗争的形式），物种自身是“被选择”的。
而红皇后假说则认为，物种能进化，是源于物种本身拥有的进化的潜力，在相互关联的物种之间，其有着“超越其他物种”的本能。就是说，羚羊为了活下去，从生下来开始就有“跑的更快”的本能，是这种本能驱使着羚羊不断进化。
红皇后假说也存在其片面性，即过分强调了物种自身的因素，而忽略了环境因素，进化不可能与环境无关。
总而言之，红皇后假说有其合理性，也存在片面性，将其与自然选择理论结合起来看，或许能形成更为完善的遗传进化理论。
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