发票存根联保存期限为五年。根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十条规定，开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存五年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。未按规定保管发票的，可处1万元以下罚款。如果报税务机关查验，而税务机关未能查验，需无限期保存。税务机关在发票管理中有权进行检查印制、领购、开具、取得、保管和缴销发票的情况。
发票存根联
发票存根联是指已开具发票的存根联或未开具的空白发票，与发票联、抵扣联、记账联组合成为四联发票。普通发票的基本联次为三联：第一联为存根联，开票方留存备查用；第二联为发票联，收执方作为付款或收款原始凭证；第三联为记账联，开票方作为记账原始凭证。存根联及结算联给财政、税收、审计等部门，以进行财务税收检查的重要依据。
《中华人民共和国发票管理办法》
第二十九条：开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。
第三十一条：印制、使用发票的单位和个人，必须接受税务机关依法检查，如实反映情况，提供有关资料，不得拒绝、隐瞒。税务人员进行检查时，应当出示税务检查证。
第三十三条：单位和个人从中国境外取得的与纳税有关的发票或者凭证，税务机关在纳税审查时有疑义的，可以要求其提供境外公证机构或者注册会计师的确认证明，经税务机关审核认可后，方可作为记账核算的凭证。
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