一般情况下，由于常绿阔叶林生境多样性高，食物丰富，因而哺乳动物种类最丰富。其次是低山次生灌丛，然后依次是针阔混交林、针叶林、高山灌丛草甸。在裸岩和溪流生境中哺乳动物种类最少。
由于常绿阔叶林地处低海拔地带，人类活动频繁，破坏严重。因而，处于原始状态的常绿阔叶林很少，而是多处于次生状态，而且面积小，故哺乳动物中的大中型动物偶尔下到低海拔的常绿阔叶林中。
常绿阔叶林仅分布在保护区的东面，而且呈零星分布，所有动物都不是栖息于某一类生境，而是随着季节变化，或者食物、求偶原因等会迁徙到其他生境活动。说它们栖息于某种生境，仅仅是认为它们主要活动于该类生境。
常绿阔叶林中小型动物中主要有长吻鼹、岩松鼠、巢鼠、高山姬鼠、大耳姬鼠、龙姬鼠、白腹鼠、社鼠、黑腹绒鼠、甘肃绒鼠、普通竹鼠、四川林跳鼠、豪猪等；大中型动物中，豺、赤狐、黑熊、黄喉貂、黄鼬、猪獾、毛冠鹿、水鹿、苏门羚等。
在低山次生灌丛生境中，小型动物是主要栖居者。低山次生灌丛多为人类破坏后演替形成的，人类活动频繁，大型动物很难找到适宜的隐蔽场所。在黄龙自然保护区，低山次生灌丛主要分布于公路两旁、各条山沟的沟谷及保护区边缘与社区接壤地带。
针阔混交林是黄龙自然保护区主要生境之一，分布于区内2.4千米至3.6千米之间。生境多样性较高，植物种类复杂，层次丰富，这也是哺乳动物较为理想的生境。
在常绿阔叶林中分布的动物几乎都可分布于针阔混交林中，除此以外，由于适中的海拔、良好的隐蔽场所，许多大中型兽类常活动于此，如猕猴、金丝猴、黑熊、大熊猫、金猫、豹、云豹、牛羚等。
针叶林是保护区又一主要生境，分布于3.6千米至4.1千米之间，植物多样性较低，树种较单一，层片较单调，由于生境下层透光度较差，灌木、草本植物生长受到影响，再加上海拔较高，水热条件较差，生境多样性不高。
林麝、马麝、马熊、牛羚、兔狲、猞猁、大熊猫等都可栖息于该生境中。在腐殖质较厚的生境中，食虫类和鼠兔类也较常见，如藏鼠兔、间颅鼠兔等。
高山灌丛草甸生境在林线以上，区内以金露梅和杜鹃灌丛为主。它的主要特点是干旱、寒冷，主要有古北界高地型、中亚型动物，它们是北方动物向南迁徙而形成的种群，都耐干旱和寒冷。
这里常见的哺乳类有鼠兔类、高原兔、松田鼠、高原松田鼠、四川田鼠、喜马拉雅旱獭、马麝及一些以鼠兔、田鼠为食的中小型食肉动物，如香鼬、兔狲、猞猁、狼、赤狐、藏狐、金猫等。岩羊也经常下到高山草甸觅食。
针叶林是保护区又一主要生境，分布于3600米至4100米之间，植物多样性较低，树种较单一，层片较单调，由于生境下层透光度较差，灌木、草本植物生长受到影响，再加上海拔较高，水热条件较差，生境多样性不高。
林麝、马麝、马熊、豹、牛羚、兔狲、猞猁、大熊猫等都可栖息于该生境中。在腐殖质较厚的生境中，食虫类和鼠兔类也较常见，如藏鼠兔、间颅鼠兔等。
黄龙针叶林景色
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