元朝灭亡后，明朝先后在辽东西部、漠南南部、甘肃北部、哈密等地设立了20多个蒙古卫生所，都是由蒙古封建领主负责。15世纪初，蒙古西部的瓦拉部和蒙古东部的鞑靼部先后向明朝进贡，建立了臣属关系。
蒙古分为两部分:蒙古东部游牧于漠北、漠南，其首领为元氏后裔，被视为蒙古的正统部分；沙漠西部的瓦拉部落(原沃依拉部落)称为西蒙古，与东蒙古有姻亲关系。
15世纪，蒙古南北被大燕汗统一，蒙古东部被分为哈尔卡、乌兰哈、鄂尔多斯、土默特、察哈尔、喀喇沁(雍协部)六个部分。
明末清初。蒙古分为三部分:漠南蒙古、漠北(哈尔卡)蒙古和莫西(额鲁特)蒙古，以沙漠为界。蒙古南部西部的安达汉注重修复和发展与明朝的贸易关系。洪毓和达汗驻地屯(今呼和浩特)修筑城墙，商旅一起蔓延，成为漠南蒙古的政治、经济、文化中心。
明末，女真建立后金政权。1636年后，金朝改清朝，漠南蒙古封建主被清朝征服。1644年明朝灭亡后，清军入关统一中国，直到1757年准噶尔部落被平定。至此，蒙古人完全处于清朝的统治之下。
清朝为了加强对蒙古人的统治，重新调整了蒙古原有的封建领主，并参照满清八旗制度，在蒙古地区建立了盟旗制度。颁布了一系列以盟旗制度为核心的诏令，巩固和发展了蒙古的封建制度。但是到了清朝，喇嘛教在蒙古流行，被禁止了。
北元
明代蒙古史是蒙古史研究的薄弱环节，国内研究滞后于国外研究。日本学者和田清奠定了明代蒙古史的框架。
明朝建立后，元朝残余回到岭北。戈壁滩北部是1388年蒙古北元和北元失陷后分裂出来的鞑靼、瓦拉和乌梁哈的活动范围，南部则是明军抗击北元的前线。15世纪末，东蒙古首领大衍汉统一漠南蒙古，实现“复兴”。
1572年，蒙古首领大衍汉的孙子阿勒坦汗率吐谷浑部驻呼和浩特，在今玉泉区建“洪毓和屯”城。从此，土默特部从草原游牧过渡到定居生活。阿尔坦汗因与明朝的宗藩关系，被奉为“顺义王”。明朝万历年间，政府给汉人起名叫“归化”，意思是蒙古人臣服于明朝朝廷的统治。
明朝在辽东西部、漠南南部、甘肃北部、哈密等地设立了40多个蒙古卫生所，每个卫生所的酋长都是蒙古封建领主。
清朝
1618年(明神宗万历四十六年)，金朝首领努尔哈赤起兵反明。1626年，努尔哈赤在漠南蒙古与科尔沁结盟。努尔哈赤死后，他的清太宗和皇太极统一了漠南各部。获得元朝敕令后，于崇德元年(1636年)建立大清国，最终消灭南明，征服全中国。
其间，长城以外的一些蒙古部与清朝统治者结盟、联姻，如科尔沁部；其他的都被清朝征服了，比如哈尔卡、和硕特、卫拉特、察哈尔、准噶尔。最后，东亚的蒙古部落处于清朝的统治之下。
清朝时，蒙古分为由官员统治的内蒙和由扎萨克统治的外蒙古。外蒙古又称外扎萨克蒙古(漠南蒙古第十六盟)、乌里雅苏台、柯布多(喀尔喀蒙古、磨溪蒙古)。前者已成为内蒙古自治区的主体部分。
内蒙和外蒙古的概念出现在晚清的官方文献中。内蒙一词指的是内蒙扎萨克蒙古的49个旗，外蒙古一词指的是喀尔喀(有时包括柯布、唐努梁海)的4个旗。清朝以后，喀尔喀蒙古独立，而内蒙古在民国统治下，分属兴安省、热河省、察哈尔省、绥远省、宁夏省。中华人民共和国统治后，内蒙古自治区成立。
清代蒙古实行盟旗制。由各部定期联合组成的组织。旗帜是通过拆散原始部落而形成的。联盟中地位最高的是藏传佛教的扎萨克和呼图克图。
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