公元1681年冬，清军进驻云南省会昆明，吴世璠被迫自杀。历时八年的旧金山叛乱结束了。自收复云南以来，清政府面临的最大问题是如何处理善后事宜，如何处理吴三桂叛乱的残余势力及其部署。康熙帝的宗旨是惩恶扬善，宽恕被胁迫者，并根据罪行的严重程度区别对待。
首先是严惩吴三桂的党羽。康熙二十一年正月，王会议决定，将吴三桂遗骨分发各省，散布天下。刑部公开吴航·樊氏的人头；马宝、夏国祥、李本深、王永青、蒋易等。背叛党的，当年全部处决；高起龙、、巴阳原、郑旺、李被斩首，妻女财产被登记为官。四月，兵部奏告胡之子、王绪、李匡等。犯有严重罪行的人，以及他们所有的妻子、女儿和家人都被送到内务局。
其次，叛官被赦免死罪，革职回乡。康熙二十一年六月，上书王之子、前太仆寺卿、前连长郭毅，议决罪刑。但康熙下旨，他们的罪行是“追贼”，赦免了他们的死罪，并下令革职，送回原籍，以示宽大。当年12月，康熙再次下诏，让那些在三藩之乱中卓有成效的朝廷官员酌情留任。
到康熙二十二年二月，朝廷对吴三桂的处置部署基本结束，涉案官员达240人。除了广西巡抚陈洪铭等少数“极其可恨”的人被流放到宁古塔，没有财产外，其余的都是在老家养大的，没有被查处。
最后，遣散吴三桂的诸侯。康熙二十一年四月，康熙帝下令吴三桂的亲属、家眷及其将领、总兵、中将随清军六次进京，参军和游击队的下级军官直接分配到河南、山东、湖广、江西四省安置。这既体现了朝廷的宽大政策，也让叛军无法聚众作乱。
后来清廷派吴三桂的部分士兵到东北开原县上阳堡驻地服役。与此同时，该法规定:"任何犯有违法行为的人都应被官方工匠、家庭成员和民众接纳。凡是私自进京的，一律送部里。如果他已经私自为民释放，他也会被送到头上。若他隐瞒，以后不报，就交给部里复议，百姓照样犯罪。”
八年三藩之乱虽然给清廷带来了严重的打击，但对康熙来说也是一次难得的机会。他以平定旧金山为契机，在制度上做了一些重要的调整，有效地集中了皇权。
魏源曾说:“自从我平定三藩之后，就不再把军权和土地让给我的副将。太子范留在京城。宗室从太子以下到大将冯恩卫等九人。，有俸禄和庄田；从一等功臣到恩奇伟二十六，世袭有别。”“虽各有镇，守备将军，掌握兵权而不善财，文臣互相牵制。边疆有其名，现实中并不存在。这是两千年来得失的重大决定。”
也就是说，三藩之乱以来，朝廷收回了原来的地方缓冲势力，地方将领在风平浪静的时候进京朝觐，兵权定在朝廷，像吴三桂、耿、尚志新这些以前不嚣张的人，这样叛乱就被杜绝了。
三藩之乱后，藩属全部归朝廷，清廷30多年的藩属兵制度宣告终结，军队的建立也就此敲定。清廷在撤藩的同时，分别处理了部分叛将及其部将。如部由汉军接管，王部被取消，大大提高了军队的中央从属地位。
此外，清廷还在边疆和地方城镇增设了八旗和绿营。康熙十九年，康熙帝撤平南、靖南，在广州、福州设立八旗守备，开始整顿军队。康熙二十年十二月，正在商议国事的王恢复云南工作，提出在荆州、湖广、陕西汉中等地驻军。还商定荆州设八旗将军1人，副都督2人，八旗3600余面。汉中有一个将军，两个副将，三千士兵。在广西和云南，清廷加强了绿营的势力。
清廷在荆州、汉中、Xi安等地驻军，是清廷在总结三藩之乱后加强对全国统治的有力举措。特别是在天下第一重镇荆州驻扎了6000多人，大大增强了清朝控制全国的力量。此后，清廷在广州、福州等地设立了八旗。作为一种习俗，这直接加强了中央政府的中央集权统治。
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