区别一、中统及其前身的地位高于军统，加上控制了邮政系统，能获取到大量的情报，因此立功无数，地位上超越了军统。
区别二、中统的工作重心是监控国民党机关内部情况；打击一切国民党之外的党派；控制社会舆论和思想。
区别三、军统属于国民党军队序列，主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。
区别四、中统虽然名义上听从蒋介石指挥，却控制在陈立夫、陈果夫之手，蒋介石基本掌控不了。
区别五、军统完全控制在蒋介石的手里，没有其他人的参与掌控。
军统和中统都是国民党为了监视共产党，以及迫害共产党成员而先后成立的特务机构。
1938年3月，蒋介石以抗战为理由，将国民党中央组织委员会党务调查科改组成中国国民党中央执行委员会调查统计局，5个月后又将复兴社特务处、军事委员会密查组和军事委员会调查统计局第二处整合成国民政府军事委员会调查统计局。它们就是国民党臭名昭著的特务组织中统和军统。
参考资料
飞天阳光.新华网[引用时间2018-5-2]
中统领导人是陈果夫、陈立夫兄弟，军统领导人依次是戴笠、毛人凤。中统和军统的区别在于：1、工作任务不同；2、所属机构不同；3、管辖领域不同。工作任务不同：中统的工作重心是监控国民党机关内部情况；打击一切国民党之外的党派；控制社会舆论和思想。军统主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。
所属机构不同：中统的是党中央的情报机构。军统的是直接属于国民党军队序列。
管辖领域不同：军统主要管辖军队、警宪以及各地的交通部门。中统主要管辖的就是国民党的党务问题以及全国各地的行政机关以及学校的党务问题，还有社会上的教化舆论。
中国国民党中央执行委员会调查统计局，简称中统。中统以各级国民党党部为基地，在各省市国民党党务内，均设有调查统计室，在大学院校、重点中学、文化团体内，也都建立了所谓的党员调查网，从事各种特务活动。中统的主要任务是调查和掌握，包括共产党在内的国民党敌对势力，从而稳固国民党的统治。
在抗战之前，中统的势力非常大。中统的实际控制人陈果夫，陈立夫兄弟，本身在国民党内具有强大的势力。当时有“蒋家天下陈家党”之说，可见陈氏兄弟在国民党内的地位。因此，国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。
但是抗战期间，由于大片国土沦陷，沦陷区内的国民党基层机关基本上都被破坏，中统势力大为缩水。再加上陈氏兄弟并不如戴笠一般对蒋介石唯命是从，中统所获资源也渐渐不如军统，因此，军统势力在成立后期逐渐大于中统。
军统全称为国民党军事委员会调查统计局。九一八事变后，蒋介石为了进一步加强集权，黄埔生贺衷寒、戴笠、郑介民、康泽等人组织了一个以军人为主体的复兴社（又称蓝衣社）。1932年，在复兴社内，又设了力行社，并设有一个专门进行谍报活动的特务处，戴笠任处长，这就是军统的前身。
军统和中统从来没有和睦相处过，两大特务组织互相仇视，甚至出现过杀害对方特工人员的行为。可见，两大特务组织的争斗已进入白热化。当然，1949随着国民党败退台湾，两大特务组织纷纷改组，蒋经国接手国民党情报机构，中统和军统（保密局）也彻底烟消云散。
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