主要区别是，性质不同、主要负责人不同、主要职能不同，具体如下：
一、性质不同
1、中统
中统是国民党中央的情报机构。
2、军统
军统是国民政府军事委员会的情报机构。
二、主要负责人不同
1、中统
局长：陈立夫、张厉生、朱家骅。
2、军统
局长：戴笠、毛人凤。
三、主要职能不同
1、中统
中统局的全称为国民党中央执行委员会调查统计局，是抗日战争时期发展起来的国民党特务机关。它和“军统”都是蒋介石实行法西斯独裁统治的重要工具。中统局在国民党各省、市、县党部都有有分支机构，以党政机关、文化团体和大中学校为活动重点，特务活动遍及全国。他们网络党羽、特务的手段和对中国共产党的破坏活动无所不用其极。他们捕风捉影，乱抓乱捕，制造了许多冤狱。
2、军统
军统是“国民政府军事委员会调查统计局”的简称，国民党政府为维护其独裁统治而设立的特务组织。军统局内勤组织有军事情报、党政情报、电讯、警务、惩戒、训练和策反等八处、六室、一所；外勤组织在各在城市设“区”，在各省设“站”，在一些重要城市“特别班”。其基本组织为“组”及直属情报人员。
参考资料来源：百度百科-中统
参考资料来源：百度百科-军统
1、军统
军统指国民政府军事委员会调查统计局，是中华民国情报机关之一。1938年成立，1950年解散的“中国台湾地区”情报机关之一。1949年，军统主要机构撤至台湾。中华人民共和国中央人民政府对留在大陆的军统进行清洗，到五十年代中期，军统在大陆大致被肃清。
2、中统
中统指中国国民党中央执行委员会调查统计局，是国民党CC系领导人陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。“中统”是国民党党务部门控制的特务机构，与“军统”并称国民党两大特务组织。
1947年4月，中统改为“党员通讯社”1949年3月，又改为台“内政部调查局”，隶属于台当局行政管理机构。
军统的组织形式
军统局的组织形式是局-区-站-组-队，有的地方设有相当区、站的办事处。组是军统局特工组织的基本单位。由于任务不同，组又分普通组、潜伏组、行动组、策反组、随军组、防谍组等。每组通常由十人左右组成。
军统局内勤组织共有八处、六室、一所。“军统”的特工人员分布到国民党的军队、警察、行政机关以及交通运输等各个部门。此外，军统局还设有电讯组织、武装组织、训练机构以及在军、政、警、宪等机关中的控制运用组织和“特种”组织。如中共一大代表张国焘主持的特种政治问题研究所。
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