毛利兰在第七集知道柯南就是新一的。小兰在第七集中看到柯南很快就分辨出委托人的身份就想起之前在云霄飞车中，新一也是摸了一下手就知道别人的职业，要不是后面阿笠博士扮成新一给她打电话，她就会逼供成功了。
小兰最开始怀疑新一是在TV版第7集每月一件礼物威胁事件的时候，小兰就已经开始怀疑柯南了。还有就是在魔术师那集中，看到小时候新一的照片和柯南是一模一样，是有希子忽悠小兰，才让柯南逃过一劫。
名侦探侦探柯南的剧情简介
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了。
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南开始大显身手。
到现在为止，《名侦探柯南》小兰还没有了解柯南的真实身份活虽这般，但是小兰都是多此怀疑柯南的真实身份，但——柯南为什么会让小兰了解呢每一次他都能找各种各样托词来推辞小兰。但是，结局时——小兰有几回怀疑过柯南便是新一。例如，黑衣骑士那一段，小兰就猜中柯南是新一，由于新一卷进了哪些案件，因此麻烦阿笠博士，吃了什么药品让自身缩小的，这一次该是小兰最为贴近实情的情况下。
也有在剧场版动漫《世纪末的魔术师》中，小兰就问柯南是否新一，那时柯南都感觉自己瞒不下去了，提前准备把事儿和盘托出时，是怪盗基德变成了新一的样子，给柯南解了围，由于柯南救了他们的幼鸽。这2次是我印象最深的，正中间也有一次次，小兰感觉柯南和新一超相似的精彩片段，她们都喜欢柯南道尔，都爱踢球，全是音痴，都爱逻辑推理，血形都一样等等。
尽管每一次都让柯南混过去，而我感觉不太可能这样就完全摆脱了顾虑吧。在以后的生死一瞬间章节，小兰根据各种征兆和案件线索总算发现了柯南的真实身份而且确定了柯南便是工藤新一，那也是没法，每天在小兰眼皮下边晃来晃去的柯南怎么可能一点错都出不来，那根本就不现实，没法的柯南，临时用药品短暂性的变成新一来解除小兰的蒙蔽，但是最后的幽会还是没有进行。
就在小兰独自哭泣的情况下，新一差点儿没控制住，说出真相，仅仅话讲的早已好白了，再怎么说，小兰跟新一也是两小无猜，即使小兰再不会逻辑推理，总跟新一在一起，也可以学那样一两手吧，这要或是听不出柯南便是新一，那便是把我们大家当傻子了，对于小兰为什么没有揭穿呢，反而是再次装作不知道呢。作者大大会使女主角知道的，大家就，漫长的等待。
名侦探柯南小兰没有认出柯南就是新一，曾经怀疑柯南就是新一共有5次。
1、第七集，每月一件礼物威胁事件，新一几乎被识破，最后让博士假扮自己圆场。
2、第九十七集，走投无路的名侦探连续两大杀人事件，新一快被识破，新一的妈妈打掩护。
3、第一百三十集，命运的复活洞窟中的侦探团，因为血型相同被怀疑。
4、第一百四十集，心存疑惑的兰，提前考虑到了，小哀给柯南的手机发了很多短信。
5、第二百集，世纪末的魔术师，新一自己把生日说出来，基德保护白鸽假扮新一赶来圆场。
剧集分析：
在每月一份礼物威胁事件中，是小兰最早开始怀疑柯南就是新一的集数，但却在阿笠博士的帮助下化解，而之后的一些事件中有些被化解有些则没有被化解，如：危命的复活，洞窟内的侦探团中，柯南受到了枪伤，小兰立刻就知道她的血可以和柯南匹配。
小兰作为一个高中生其心智已经走向了成熟，对于很多事情的细节不可能发现不了。而柯南虽然有很多方式化解但总会被发现端倪。所以，小兰其实很早之前就已经知道了柯南就是新一的身份。
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