一、指代不同
1、真核过表达质粒：真核细胞表达载体之一为pEGFP-N1载体，具有对方面的优点。pEGFP-N1载体上携带有EGFP蛋白表达基因。
2、原核过表达质粒：能携带插入的外源核酸序列进入原核细胞中进行表达的载体。
二、特性不同
1、真核过表达质粒：该质粒具有很强的复制能力，可以满足随宿主细胞分裂时跟随胞质遗传给新生的子细胞，这是真核细胞表达载体保证目的基因稳定表达的因素之一。
2、原核过表达质粒：启动子是DNA链上一段能与RNA聚合酶结合并起始RNA合成的序列，它是基因表达不可缺少的重要调控序列。没有启动子，基因就不能转录。由于细菌RNA聚合酶不能识别真核基因的启动子，因此原核表达载体所用的启动子必须是原核启动子。
三、载体构建不同
1、真核过表达质粒：，由238个氨基酸组成，分子量约为27Kd。GFPGFP在包括热、极端PH和化学变性剂等苛刻条件下都很稳定，用甲醛固定后会持续发出荧光，但在还原环境下荧光会很快熄灭。
2、原核过表达质粒：以含目的基因的克隆质粒为模板，按基因序列设计一对引物（在上游和下游引物分别引入不同的酶切位点），PCR循环获得所需基因片段。
参考资料来源：百度百科-原核表达载体
参考资料来源：百度百科-真核细胞表达载体
本质上是一样的，都是让外源性的基因序列在细胞内得到表达。但是由于目的不同，技术细节上也会有不同。过表达的质粒如果是一过性表达，不需要整合到细胞染色体组，只要有强的启动子就可以了。稳定表达的，需要有筛选基因的表达来选出整合的细胞。而干扰质粒一般都需要是稳定的表达，现在都是通过慢病毒来实现，质粒基本都弃用了。
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