结构域是生物大分子特别是蛋白质中具有特定结构和独立功能的区域。在球状蛋白质中，结构域有自己特定的三级结构，其功能独立于蛋白质分子的其余部分，但同一蛋白质中的不同结构域往往可以通过没有二级结构的短序列连接起来。蛋白质分子中的不同结构域通常由基因的不同外显子编码。
结构域是介于二级和三级结构之间的结构层次，是蛋白质三级结构的基本结构单位。所谓结构域，是指蛋白质中独立稳定的结构区域，由不同的二级结构和超二级结构组成。结构域也是蛋白质的功能单位。在多结构域蛋白质中，不同的结构域往往与不同的功能相关联。
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